本罪与非罪的界限
对包庇毒品犯罪分子的犯罪应综合全案各种情况，如果被包庇的毒品犯罪分子所进行的毒品犯罪情节轻微，毒品数量很小，受刑罚处罚较轻，或不需要追究刑事责任，而且包庇毒品犯罪分子的主观恶性也比较小，那么包庇行为本身社会危害性就小，一般不作为犯罪处罚。在实践中要注意正确区分本罪与知情不举行为的界限。“知情不举”是指明知是毒品犯罪分子，而不向司法机关检举揭发，也没有向司法机关作虚假证明，对犯罪分子也不提供积极帮助，表现为消极不作为，这种消极不作为，由于我国法律没有规定知情不举罪，因此不构成包庇毒品犯罪分子罪。
本罪与包庇罪的界限
二者的主要区别在于包庇的对象不同，前者包庇的对象，必须是走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子，而后者所包庇的对象，则是除上述犯罪以外的刑事犯罪分子。
本罪与非法持有毒品罪
非法持有毒品罪，《刑法》第348条规定，是指明知是鸦片、海洛因、甲基苯丙胺或者其他毒品，非法持有并且数量较大，根据证据尚不能认定为其他毒品犯罪的行为。
本罪有三个量刑幅度：1、鸦片1000克以上、海洛因或者甲基苯丙胺50克以上处7年以上有期徒刑或者无期徒刑。2.鸦片200克以上不满1000克、海洛因或者甲基苯丙胺10克以上不满50克的处3年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。3、对情节严重的处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
包庇毒品犯罪分子罪，《刑法》第349条第1、2款规定，是指明知是走私、贩卖、运输、制造的毒品犯罪分子，而向司法机关作虚假证明，掩盖其罪行，或帮助其毁灭罪证，帮助其逃跑等，使其逃避法律制裁的行为。
本罪有两个量刑幅度：1、一般情节处3年以下有期徒刑、拘役或者管制。2.情节严重的处3年以上10年以下有期徒刑。
我国刑罚第349条对包庇毒品犯罪分子罪规定了两个具体的量刑幅度：
第一个量刑幅度是，包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子的，处3年以下有期徒刑、拘役或者管制。
第二个量刑幅度是，包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子，情节严重的，处3年以上10年以下有期徒刑。
这里的所说的“情节严重的”一般是指：
(1)包庇重大走私、贩卖、运输、制造毒品案件的犯罪分子的;
(2)包庇走私、贩卖、运输、制造毒品犯罪集团的首要分子;
(3)多次包庇毒品犯罪分子的，或者包庇毒品犯罪分子的人数较多，或者时间较长的;
(4)包庇毒品犯罪分子的行为严重妨害了司法机关的刑事司法活动的。
根据刑法第349条、第356条的规定，有如下从重处罚的情节值得注意：
(1)缉毒人员或者其他国家机关工作人员掩护、包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子的，从重处罚;
(2)行为人因走私、贩卖、运输、制造、非法持有毒品罪被判过刑，又犯包庇毒品犯罪分子罪的，从重处罚。
法律依据：
《刑法》第三百四十九条 包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子 的，为犯罪分子窝藏、转移、隐瞒毒品或者犯罪所得的财物的，处三 年以下有期徒刑、拘役或者管制;情节严重的，处三年以上十年以下 有期徒刑。
缉毒人员或者其他国家机关工作人员掩护、包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子的，依照前款的规定从重处罚。
犯前两款罪，事先通谋的，以走私、贩卖、运输、制造毒品罪的共犯论处。
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