企业的商业秘密被侵犯时，应视不同情况，通过不同的途径解决纠纷，常见的方法有以下几种：
一、协商解决
协商解决是日常解决民事纠纷的方法。如果企业的商业秘密被侵犯，可以与侵权人进行调解、和解，要求停止侵权、恢复名誉并做适当赔偿。
企业应当注意到，如果采取行政、刑事、民事诉讼等法律途径解决纠纷，都可能会造成商业秘密进一步扩散(即“二次污染”)，所以协商解决是解决企业商业秘密被侵犯问题的首要方案。
二、经济仲裁
企业在日常经济往来中，有时商业秘密可能会被客户泄漏、侵犯。在此情况下，可以根据双方买卖合同、加工合同、转让合同或合作合同之中的仲裁条款申请仲裁。如果事先没有约定仲裁条款，但侵权侵权行为发生后双方自愿达成仲裁协议的，也可到当地仲裁机申请仲裁。
我国仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，任何一方不能再就同一纠纷向人民法院起诉，有利于节省资源物力。
三、劳动仲裁
按照我国《劳动法》及相关规定，劳动者违反劳动合同中约定的保密事项，对企业造成经济损失的，以及劳动者跳槽到新用人单位，共同侵犯商业秘密造成原用人单位经济损失的，企业可以按照《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在15日内向人民法院起诉。
这种方法属于劳动法上的救济，主要适用于职工流动违反保密协议、竞业禁止协议等情况。
四、行政投诉
我国《反不正当竞争法》第3条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”第20条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。”
因此，企业商业秘密被侵犯还可以寻求政府机关保护，在向工商部门举报时应当提供商业秘密及侵权行为的有关证据，并且应当按照案件的重大、复杂程度，向不同管辖级别的工商行政部门提出。企业采取这种途径维权的，除了可以申请责令停止侵权以外，还可要求赔偿并返还载有商业秘密的资料。
五、刑事报案
我国《刑法》第219条规定：“有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金：
(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的;
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的;
(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。”第220条规定：“单位犯本节第213条至第219条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直拉责任人员，依照本节中该条的规定处罚。”
因此，企业商业秘密被侵犯后，可以及时公安机关报案要求处理。但是通过这种途径解决时，如果案件涉及到非常专业的知识，应当提供有关资料让公安机关侦查人员尽快了解熟悉，积极配合公安机关开展侦查工作。
律师提醒：刑事途径是企业保护商业秘密的最强大盾牌。企业通过刑事途径解决商业秘密侵权，可以收集到一些在民事诉讼当中无法收集到的证据，既可以追求侵权人的刑事责任，也可以获得经济赔偿。
六、民事诉讼
我国《民法典》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。企业就商业秘密侵权向人民法院提起诉讼的，要注意时效、管辖、证据、被告主体和请求赔偿金额等问题上的正确处理，避免最后因诉讼经验、技巧不足而败诉。
1、建立和完善企业商业秘密保密机制。针对企业有价值的，且市场上与别人不同的信息及资源，如客户资源、交易价格、设计资料、工艺方法等信息列为商业秘密，以机密文件保存，同时建议企业成立商业秘密保护的专门机构，负责商业秘密的认定、保护措施的开发与实施。
2、建立和完善员工保密制度。企业应在员工入职前签订保密协议，保密协议中应将保密事项、保密范围、保密期限和违约责任约定清楚，首先在意识上灌输商业秘密保护的重要性和侵害商业秘密的严重后果。与特定的人员，如技术骨干、高级管理人员，签订竞业禁止协议，在劳动关系解除后，依法按月向其支付经济补偿，保护好企业商业秘密。
3、建立和完善信息网络保密制度。建议企业视商业秘密价值大小，视情况在(特定)员工电脑中安装保密系统;安装电子监控系统，对企业内部往来文件进行监控，及时降低侵害商业秘密的风险。
4、建立和完善商业秘密资料的保存制度。企业档案室用于存放企业重要文件资料及档案，公司任何员进入档案室需予以审批及按规定登记;另外，对秘密文件进行特殊技术处理，防止拷贝、复制。
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