创建国家卫生城市以来，我市通过开展工业企业污染治理、统筹治理农业面源污染和畜禽养殖污染等措施，进一步加强水环境污染防治，水环境质量持续保持良好态势。
近年来，崇左市全面推行河长制。截至目前，所有江河湖库均设置了河长,共设立各级河长2089名，制定“一河一策”和管理保护工作制度,构建全市共同参与的江河湖库管理保护体系，强化水污染防治，积极推进水域污染综合整治。
水污染治理方面，我市着力开展工业企业污染治理。重点推进制糖、淀粉、酒精、造纸等重点行业企业污染治理设施建设与运行管理，涉水工业企业全部建成了末端污染治理设施，工业废水全面达标排放。推进循环发展，高效利用水资源，推动高耗水、高污染工业企业按要求进行节水技术改造，淘汰落后生产工艺和设备，推进企业水循环利用和废污水资源化利用。同时，推进工业集聚区和城镇污水集中处理设施建设，推动2个省级及以上和9个省级以下工业集聚区建设污水集中处理设施建设，建成县级及以上污水处理设施7座，镇级污水处理设施共27座。
统筹治理农业面源污染和畜禽养殖污染方面，我市积极推进测土配方施肥，减少化肥使用量。不断加强畜禽养殖污染治理，市级及七个县均已完成畜禽养殖禁养区和限养区的划定工作，畜禽养殖废弃物资源化利用工作稳步推进。全面实施农村环境综合整治项目，重点抓好农村生活污水、生活垃圾、畜禽粪污治理和农村饮用水水源保护等相关工作，共完成120个建制村农村环境综合整治。
