（1） 关于特许经营，应当明确在这个关系中，特许权人主要义务是提供注册商标、企业标志、专利、专有技术等给被特许人使用，双方之间的关系不构成代理、联营等。明确双方之间关系是为了防止在将来受许企业的行为导致双方权责不清晰。
（2） 关于费用。现有的特许经营行为中，笔者了解到的，有些企业除了作为“门槛”的加盟费外，还有诸如品牌管理费、高管培训费、人员管理费等，费用越多，则特许条件越高。在这些费用中，品牌使用费的计算与支付将会是双方履行特许协议的核心，因此双方应在特学协议中有明确的约定。
（3） 关于保证金。保证金是必不可少的。在特许协议中，如何约束被特许人严格按照特许手册管理经营，是非常关键的问题。若被特许人经营中出现重大事故遭投诉或被媒体曝光，对普通消费者来说，不可能厘清各个特许店之间的关系，而直接将此种负面影响置之于品牌之上，这对于以品牌为核心价值的特许经营生态来说有时是致命的。因此，除了协议中违约责任的约束外，还应当有一笔保证金来约束被特许人对合同的谨慎履行。
（4） 被特许经营人的后合同义务。所谓后合同义务，主要是指特许经营合同被提前解除或终止后，被特许人不得再利用之前的特许经营店的商标、商号、装饰装潢。这一点，经常可见的是，特许关系结束后，被特许人仅仅将商号摘除后，装修装饰不做任何改变，仍继续经营与特学业务相同相似的业务，导致消费者的混淆。此种“搭便车”的目的显而易见，因此，在合同中明确特许人禁止此种行为并设定相应的违约责任很有必要。
当然，在特许经营活动中，还应注意按照特许人“两店一年”的要求，同时要求特许人不得做任何虚假陈述、夸大宣传。
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