(一)侵犯商业秘密行为的证据认定问题
⑴公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难。
这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。
⑵对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。
如果具备鉴定的条件的话，有关技术信息应当委托专业权威部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密。在这种情况下，专业权威的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。
(二)关于损失的计算问题
中国刑法规定“给商业秘密的权利人造成重大损失”才构成犯罪，如何认定“重大损失”、什么是“重大损失”便成为区分罪与非罪的关键。“造成重大损失”是构成侵犯商业秘密罪必备要件。在刑事诉讼中，重大损失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行为而遭受的物质损失，就侵犯商业秘密而言，刑法未对“重大损失”的含义明确界定和说明。在司法实践中，商业秘密的“重大损失”的计算大致有以下几种：
⑴以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑的依据。
商业秘密一旦被泄露，权利人的损失往往是无法弥补的。在刑事审判中普遍认为这种损失应当指实际损失，而实际损失既包括直接损失和权利人必然失去的现实利益。而且侵犯商业秘密给权利人造成的损失不能仅仅以数额为标准，应当在重点考虑研制开发成本、利用周期、成熟程度、市场前景等直接因素的基础上，综合考虑各种相关因素，如竞争优势地位的丧失、商业信誉的下降等
⑵以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失。
这种损失的计算以侵权人未再向他人泄露为前提。对于将商业秘密出卖给他人的，以其出卖收入加上买受人使用后的获利额为损失额;使用商业秘密进行生产经营活动的，以其获得的利润为损失额。在计算侵权人所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品总价款乘以平均利润率为获利额。一般情况下，以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。
⑶以不低于商业秘密使用许可的合理使用费作为损失。
这是一种以正常许可使用的费用推定损失额的计算法，但并不意味着侵权人就此取得了该商业秘密的合法使用权。同时值得一提的是，这也不是简单地将商业秘密的自身价值等同于损失。商业秘密是无形财产，其与有形财产有重大区别。侵权人使用商业秘密的同时，并没有排斥合法权利人的使用。况且，大多数情况下，侵权人实施盗窃等不法行为取得商业秘密后，不久就被发现、制止，给被害人造成的损失远远小于商业秘密自身的价值。
1、非公开性
商业秘密的前提是不为公众所知悉，而其他知识产权都是公开的，对专利权甚至有公开到相当程度的要求。
2、非排他性
商业秘密的专有性不是绝对的，不具有排他性。商业秘密的拥有者既不能阻止在他之前已经开发掌握该信息的人使用、转让该信息，也不能阻止在他之后开发掌握该信息的人使用、转让该信息。
3、利益相关
能使经营者获得利益，获得竞争优势，或具有潜在的商业利益。
4、期限保护
商业秘密的保护期不是法定的，取决于权利人的保密措施和其他人对此项秘密的公开。一项技术秘密可能由于权利人保密措施得力和技术本身的应用价值而延续很长时间，远远超过专利技术受保护的期限。
《刑法》第二百一十九条规定：“有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有限徒刑，并处罚金：
(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人们商业秘密的;
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的;
(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密罪论处。
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