《人民调解法》第五条第一款规定，国务院司法行政部门负责指导全国的人民调解工作，县级以上地方人民政府司法行政部门负责指导本行政区域的人民调解工作。第二款规定，基层人民法院对人民调解委员会调解民间纠纷进行业务指导。
结合《人民调解法》的规定，以及长期以来人民调解指导工作的实际情况，承担人民调解工作指导职责的机构包括司法行政部门和人民法院。其中，县级以上各级司法行政部门负责指导本级行政区域内的人民调解工作，而承担指导职责的人民法院仅限于基层人民法院。按照人民法院组织法的规定，基层人民法院包括县、市、自治县及市辖区人民法院。需要说明的是，县(区)司法局和基层人民法院也可通过其派出机构即乡镇(街道)司法所和人民法庭来履行相应的指导职责。
司法行政部门对人民调解工作的指导职责是全面系统的，包括了对人民调解工作组织、队伍、业务、工作等各个方面，而人民法院对人民调解工作的指导则是对人民调解委员会调解民间纠纷的活动进行业务指导。
司法行政部门对人民调解工作的指导，就是由县级以上司法行政部门在正确把握人民调解工作科学理论和规律的基础上，按照人民调解工作的法律规范和方针政策，立足于人民调解工作实际情况，对人民调解工作的发展方向做出指示，对人民调解组织建设、队伍建设、业务建设、制度建设等进行指引，对人民调解工作活动进行规范、保护和监督。具体包括：
对人民调解工作的指引和规范。一是制定相关政策法规。根据党和国家的路线、方针、政策、法律，研究制定有关人民调解工作的方针、政策和法规，制定本行政区域内人民调解工作发展的方向、目标和规划，提出具体任务和措施，并负责督促、检查和落实。二是加强调查研究。了解和掌握本区域内民间纠纷的特点和规律，指导人民调解委员会改进工作。同时，掌握人民调解工作的真实情况和存在的问题，提出有针对性的工作措施，及时帮助解决困难。三是总结交流经验。及时总结推广做好人民调解工作的方法和经验，大力宣传人民调解工作的先进典型和模范人物，发挥模范示范作用。四是做好人民调解委员会的组织建设、队伍建设、业务建设和制度建设的指导工作，结合实际明确建设标准和要求，提高建设水平，规范人民调解工作。
对人民调解委员会日常工作的指导。司法行政部门对人民调解委员会日常工作的指导，主要通过乡镇(街道)司法所来实现。一是及时解答、处理人民调解委员会或者纠纷当事人就人民调解工作有关问题的请示、咨询和投诉;二是应人民调解委员会的请求或者根据需要，协助、参与对矛盾纠纷的调解活动，特别是那些比较疑难的纠纷、涉及群众切身利益的热点难点纠纷以及群体性纠纷等;三是对人民调解委员会主持达成的调解协议进行检查，发现违背法律、法规、规章、政策和公序良俗的，及时指出并督促人民调解委员会告知当事人，通过合理程序予以改正。
对人民调解委员会调解民间纠纷进行业务指导是基层人民法院的法定职责。基层人民法院主要是通过审判活动在业务上对人民调解工作给予指导。
1.通过审理涉及人民调解协议的民事案件进行指导。经人民调解委员会调解达成调解协议以后，纠纷双方当事人认为有必要的，可以在规定期限内向人民法院申请司法确认，人民法院应当及时对调解协议进行审查，依法确认人民调解协议有效、无效，并通过司法确认工作对人民调解委员会的业务工作进行指导。对人民调解委员会工作中存在的问题，人民法院应当以适当的方式告知主管的司法行政部门和制作调解协议的人民调解委员会，提出相关的意见和建议，以便在今后的调解工作中加以改进。
2.与司法行政部门密切配合进行指导。基层人民法院通过参与司法行政部门举办的人民调解员培训班，向人民调解员讲授业务知识、法律知识，传授调解技能;组织人民调解员旁听人民法院审理民事案件，安排人民调解员参与庭审前的辅助性工作;聘请人民调解员担任人民陪审员;与人民调解组织一起召开典型纠纷分析会，共同研究解决方案等形式，进一步强化对人民调解员的教育和培训，不断提高他们的法律政策水平和调解工作水平。同时，基层人民法院要通过审判活动，教育和引导广大人民调解员严格遵守调解原则和工作纪律，坚持依照法律、政策办事。
县级司法行政部门和基层司法所，应当主动加强与基层人民法院的联系、配合，及时了解掌握纠纷当事人就人民调解协议向人民法院提起诉讼的情况，以及人民法院依法维护、变更及撤销调解协议的情况，发现人民调解工作及调解协议制作过程中存在的问题，总结经验教训，针对薄弱环节，采取有效措施，进一步改进和提高工作质量。
3.通过诉讼调解与人民调解有机衔接进行指导。加强对人民调解工作的指导，需要基层人民法院切实采取有效措施，努力实现诉讼调解与人民调解的衔接配合，把指导人民调解工作与审判质量效率评估体系建设结合起来，用制度来引导和激励广大基层法官在实践中努力实现审判活动与非诉讼程序的协调运行。同时，还需要正确处理好人民调解协议书与人民法院裁判文书的效力衔接，重视发挥诉讼调解程序简便、成本较低、便于执行的优势和人民调解信息灵、反应快、情况明的特点，力求案件处理法律效果和社会效果的有机统一。人民法院可以通过实行简单的民事案件先行调解和委托调解，在基层人民法院设立“人民调解窗口”，对于常见性、多发性的简单民事纠纷，在当事人起诉时或立案前，积极引导当事人通过人民调解解决矛盾纠纷。
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