流程管理不仅包括商标本身的流程，还包括商标工作同其他工作的配合。有些企业的市场、销售、企划、法律部门各不相关，产品已经上市，商标还不知道应该由谁来注册;商标已经被侵权，法务部门还不知道商标是否注册;企划部门设计的产品名称、图形标志同《商标法》相悖，明显不能取得专用权，或者同在先商标近似，推向市场后，才发现商标注册不了……这些问题的产生主要是由于没有形成在商标惯性下的正确流程。
现代知识产权运作强调知识产权要渗透到企业生产经营活动的每一个细节，商标也不例外。商标管理部门应该建立各种商标事务流程，如商标注册流程、反假冒流程等。以商标注册流程为例，应首先由市场部门提出需求，然后由企划部门完成创意、设计，最后由法务部门进行评估、查询，并将意见反馈，最终确定方案并注册。在流程的各个环节中要落实到人，如果出现问题，可以由管理部门进行调节。
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