1、缔约方的主体范围不同

《马德里协定》规定只有巴黎公约成员国才有资格加入;而《议定书》则规定，除巴黎公约成员国外，政府间组织也可以加入。

2、申请注册要求不同

申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方，该商标必须已获准注册或已被初步审定;申请国际注册指定保护为纯《议定书》缔约方时，该商标既可是已经注册的商标，也可以是刚被受理的注册申请。

3、工作语言不同

《马德里协定》使用的工作语言仅为法语;《议定书》使用的工作语言可选择法语、英语或西班牙语。

4、规费不同

申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方，该申请只要缴纳统一规费即可;申请国际注册指定保护为纯《议定书》缔约方，该申请除要缴纳统一规费外，还需依照各国规定缴纳单独规费。

5、驳回期限不同

《马德里协定》规定缔约方的审查期限为12个月，也就是说一个国际注册商标向世界知识产权组织国际局登记此项国际注册之日起，12个月左右后申请人没有收到驳回通知，该商标一般已在被指定的国家给予保护;而《议定书》则赋予缔约方一定选择权，审查期限可以是12个月也可以是18个月。

6、国家基础注册与商标国际注册的关系不同

依照《马德里协定》保护的国际注册商标，自国际注册之日起5年内，如果该商标在国内注册已全部或部分被撤销、注销，那么，无论国际注册是否已经转让，该国际注册商标在所指定国家都会被撤消，并丧失保护。而依照《议定书》保护的国际注册商标，自国际注册之日起5年内，如果该商标在国内的注册已全部或部分被撤销、注销，商标所有人可在该商标被撤销之日起3个月内，向所指定的《议定书》缔约方商标主管机关提交一份申请，并按照各缔约方的规定缴纳一定的费用，即可将商标国际注册转换为缔约方国家注册。

此外，需要特别指出的是，经WIPO成员国大会通过的对《议定书》第九条的相关修改，自2008年9月1日起已经生效。该条款主要解决同属《马德里协定》和《议定书》的缔约方之间条约的适用问题。

根据修改后的规定，在同属《马德里协定》和《议定书》的缔约方之间全面适用《议定书》，且只适用《议定书》。也就是说，同属《马德里协定》和《议定书》缔约方的国际注册申请人或注册人在国际注册申请或后期指定申请中，指定同属《马德里协定》和《议定书》的缔约方时，将适用《议定书》。从2008年9月1日开始，任何由于新的规定而受《议定书》管辖的指定，将适用临时驳回通知的12个月标准审查期限和100瑞士法郎标准规费。

综上所述，《议定书》是在《马德里协定》的基础上发展而来，并在申请条件、审查周期、工作语言、收费标准和收费方式、保护期限以及国际注册与基础注册的关系等程序方面都做了重要修改，使得商标国际注册程序更加公平、科学、便捷，更加有利于保护商标注册当事人的权益，也更加有利于各缔约方商标主管机关独立审查并协调一致工作。