农业税取消后提高了农产品成本。降低了国际竞争力。目前中国是世界上惟一仍然专门面向农民征收农业税的国家，总税率为 8.4%。国家税务总局法规处处长王道树认为，加入世界贸易组织后，国外竞争对国内农产品市场压力明显加大。中国农业本来就是弱势产业，农业税则进一步提高了农产品的生产成本，使中国农产品在国际市场上的价格竞争力大打折扣。

　　美国、日本和欧盟国家对本国农产品的补贴是我们远远做不到的。根据世贸组织规则，中国可使用‘绿箱’‘黄箱’政策补贴农民，说可以补到8%，可现在实际能达到的大约也就是2%。这迫使我们采取包括减税在内的积极政策，支持农业发展。

　　城乡收入差距加大，农村税负高于城市。城乡收入差距不断加大也是减免农业税的重要原因。2003年，这个差距已达到3.3：1。“怎么提高农民收入”王道树说，一方面要创造条件让他们增收，另一方面就要给他们减负，而农业税是农民负担中最大的一块。从另一个角度看，农民的税负远高于城市居民。王道树分析，同样作为纳税人，城市居民交个人所得税时，先要把起征点以下的收入扣除，而农民交农业税却从没有起征点。如果征农业税也像征个税那样扣除，至少有9成以上农民达不到纳税人水平，应该不交税或者少交税。

　　作为生产者和经营者，城市工商业者把商品拿到市场上去卖才交税，而农民无论实际产量和成本消耗多大，都必须按定额交税，这使得农业税几乎变成了“地租”。根据换算，农产品增值税的税率比工业品增值税的税率要高出5至8个百分点。城市和农村实行两套不同的税制，是中国城乡二元经济结构的典型反映之一。这不仅显失公平，更加剧了城乡居民收入差距的扩大。