(一)本罪与事前有通谋的共同犯罪
窝藏、包庇行为是在被窝藏、包庇的人犯罪后实施的，其犯罪故意也是在他人犯罪后产生的，即只有在与犯罪人没有事前通谋的情况下，实施窝藏、包庇行为的，才成立本罪。如果行为人事前与犯罪人通谋，商定待犯罪人实行犯罪后予以窝藏、包庇的，则成立共同犯罪。因此，本法第3l0条第2款规定，犯窝藏、包庇罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。在这种情况下，即使共同犯罪所犯之罪的法定刑低于窝藏、包庇罪的法定刑，也应以共同犯罪论处。
(二)本罪与伪证罪的界限
伪证罪中的故意作虚假证明为犯罪人隐匿罪证的行为，与窝藏、包庇罪有相似之处。二者的主要区别在于：
(1)本罪为一般主体;而伪证罪是特殊主体，只限于证人、鉴定人、记录人与翻译人。
(2)本罪发生的时间没有限制;而伪证罪必须发生在刑事诉讼中。
(3)本罪是通过使犯罪人逃匿或者采取其他庇护方法，使其逃避刑事制裁;伪证罪掩盖的是何案件有重要关系的犯罪情节。
(4)窝减、包庇的对象既可以是未决犯，也可以是已决犯;而伪证罪所包庇的对象只能是未决犯。
(三)本罪与帮助毁灭、伪造证据罪的界限
1979年刑法没有规定帮助毁灭、伪造证据罪，故以往的刑法理论认为，消灭罪迹与毁灭罪证的行为构成包庇罪。本法增设了帮助毁灭、伪造证据罪之后，也有人认为包庇罪包括帮助湮灭罪迹和毁灭罪证的行为。我们认为，根据刑法的规定，包庇罪应仅限于作假证明包庇的行为，而不包括帮助犯罪人毁灭或者伪造证据的行为。不过，这两种犯罪的法定刑相差较大，如何合理划清其界限，还需要研究。
自首是指犯罪后自动投案，向公安、司法机关或其他有关机关如实供述自己的罪行的行为。
我国刑法规定，自首的可以从轻或减轻处罚。
第六十七条 犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。
被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。
第六十八条 犯罪分子有揭发他人犯罪行为，查证属实的，或者提供重要线索，从而得以侦破其他案件等立功表现的，可以从轻或者减轻处罚;有重大立功表现的，可以减轻或者免除处罚。
犯罪后自首又有重大立功表现的，应当减轻或者免除处罚。
自首是可以从轻或者减轻处罚的，但是是否能够免于起诉，需要看是否符合不起诉的条件。
一、法定不起诉(绝对不起诉)
法定不起诉，是指《刑事诉讼法》第142条第1款规定：犯罪嫌疑人有本法第15条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。这种情形我们称之为绝对不起诉，根据《刑事诉讼法》第15条规定，法定不起诉适用于以下六种情形：
(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的
(2)犯罪已过追诉时效期限的
(3)经特赦令免除刑罚的
(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的
(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的
(6)其他法律规定免予追究刑事责任的
二、酌定不起诉(相对不起诉)
《刑事诉讼法》第142条第2款规定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。从刑事诉讼法规定看，酌定不起诉的适用必须同时具备两个条件：一是犯罪嫌疑人的行为已构成犯罪，应当负刑事责任;二是犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。依照刑法规定，以下几种情形可以适用这种不起诉：
(1)犯罪嫌疑人在中国领域外犯罪，依照中国刑法应当负刑事责任，但在外国已经受过刑事处罚的(《刑法》第10条)
(2)犯罪嫌疑人又聋又哑，或者是盲人的(《刑法》第22条)
(3)犯罪嫌疑人因正当防卫或紧急避险过当而犯罪的(《刑法》第20-21条)
(4)为犯罪准备工具，制造条件的(《刑法》第22条)
(5)在犯罪过程中自动中止犯罪或者自动有效防止犯罪结果发生，没有造成损害的(《刑法》第24条)
(6)在共同犯罪中，起次要或辅助作用的(《刑法》第27条)
(7)被胁迫参加犯罪的(《刑法》第28条)
(8)犯罪嫌疑人自首或有重大立功表现或者自首后又有重大立功表现的(《刑法》第67条、第68条)。但是需要注意的是，人民检察院可以作出也可以不作出起诉决定，在确认犯罪嫌疑人有上述情形之一后，还必须在犯罪情节轻微的前提条件下才能考虑适用不起诉。即人民检察院要根据犯罪嫌疑人的年龄、犯罪目的和动机、犯罪手段、危害后果、悔罪表现以及一贯表现等进行综合考虑，只有在确实认为不起诉比起诉更为有利时，才能做出不起诉决定。
三、证据不足不起诉
《刑事诉讼法》第140条第4款规定，对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足的，不符合起诉条件的，可以做出不起诉的决定。这种不起诉的适用前提是案件必须经过补充侦查。这里需要指出，所谓“可以”做出不起诉决定，并不意味着检察机关有权在起诉与否之间做出自主选择，因为证据不足属于不具备起诉条件的情况，因而不能提出起诉。在此意义上，所谓“可以”一词的表述并不准确，科学的含义是“应当”。依据最高人民检察院的《规则》的规定，具有下列情形之一的，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪或需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件，可以做出不起诉决定：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的
自首是可以从轻或者减轻处罚的，但是是否能够免于起诉，需要看是否符合不起诉的条件。
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