(一)协议的效力问题。
宅基地转让协议的效力要看具体的签约对象，如果是本集体经济组织内部成员之间转让宅基地的，那么该协议是有效的;如果是向本集体经济组织以外的人且未获得集体经济组织同意的，转让宅基地使用权，那么就是无效的。因为根据土地管理法的规定，宅基地属于集体经济组织所有，为了满足本集体经济组织成员的居住和生活需要，不能像本集体经济组织之外的成员进行转让。
(二)协议无效的法律后果。
根据合同法的规定，协议无效的法律后果是恢复原状，但是由于房屋买卖关系的人的基本居住权和生存权，因此一味的恢复原状也不利于问题的解决，因此上海采取了变通的做法，如果房屋尚未交付使用的恢复原状;如果该房屋已经交付买方居住使用，那么本着尊重和维持现状的原则处理，驳回产权人要求购买人迁出的诉讼请求。
(三)如果遇到拆迁怎么办。
宅基地转让协议签订履行后遇到拆迁的，那么法院可以直接以判决动迁款的归属的方式处理双方之间的纠纷，如果购买人是被集体经济组织的，那么动迁款均归购买人所有，如果购买人非本集体经济组织成员或者甚至是城镇户口的，那么在动迁款分配过程中按照三七开的原则处理。
宅基地转让是否有效，应分情况来看待。一般来讲，法院认定宅基地买卖合同是否有效，主要会考虑以下几方面内容：
(1)法律、法规、部门规章和政策;
(2)卖房人的现有居住条件;
(3)该房产项下的土地使用权性质;
(4)房产交付的实际情况;
(5)不是同一个集体经济组织的成员。
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