底薪加提成合并计算后超过5000元的，需要缴纳个人所得税。底薪和提成都属于工资薪金所得，应当合并计算应纳税所得额。但5000元只是基本减除费用的月度标准，实际计算应纳税所得额时还需扣除个人缴纳的社保和公积金，以及子女教育、赡养老人等专项附加扣除项目。这些扣除项目在计算个税时都是可以减除的，不是仅凭总收入是否超过5000元来判断是否要缴税。
具体计算公式为：应纳税所得额=底薪+提成-5000元-社保个人缴费-专项附加扣除。应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。收入越高，适用税率越高，实行超额累进税率。每月税前扣除的社保金额根据个人缴费基数确定，专项附加扣除需要纳税人主动在个税APP中填报后才能享受。
如果底薪加提成扣除各项扣除后余额为零或负数，则无需缴纳个税。举个例子，底薪4000元、提成3000元，合计7000元，扣除社保1000元和5000元基本减除费用后余额1000元，需按3%税率缴纳30元个税。如果各项扣除后余额不足5000元，则无需缴税。需要特别说明的是，如果劳动者月收入波动较大，全年总收入可能达不到年度6万元的免税额度，到了次年汇算清缴时还可以申请退税。
个税的预扣预缴由用人单位在发放工资时代为扣缴。如果劳动者对个税计算有疑问，可以向用人单位财务或人事部门索要完整的计税明细，逐项核对基本减除费用、社保扣除和专项附加扣除是否全部列入。发现多扣税款的，可以在年度汇算清缴期内通过个人所得税APP自行申报退税，不需要等到次年再处理。
底薪加提成的工资总额由两部分构成：底薪固定、提成浮动，两部分相加即为当月应发工资总额。底薪是计时工资，只要劳动者正常出勤并提供正常劳动，无论业绩如何，用人单位都必须支付。底薪的功能是保障劳动者的基本生活需要，不因业绩波动而变动，这是法律对劳动者最低工资保障制度的基本要求。
提成是计件工资的一种，以完成的实际工作量或业绩按比例计酬，遵循多劳多得原则。提成的计算方式需在劳动合同或规章制度中明确约定，包括提成基数、提成比例、计算周期等。未约定的，发生争议时用人单位承担举证不能的法律后果。如果劳动合同中没有明确约定提成计算方式，劳动者有权要求用人单位提供书面的提成制度。
底薪的发放以出勤情况为依据。如果劳动者请事假或旷工导致出勤不足，用人单位可按实际出勤天数折算底薪。但用人单位不得以未完成业绩为由将底薪完全扣除，这属于单方变更工资计算方式，与底薪的计时工资性质相悖。底薪仅与出勤时间挂钩，与业绩成果没有法律上的关联。
月应得工资=全额底薪×(实际出勤天数÷当月应出勤天数)+当月实际业绩×提成比例。劳动者正常出勤满勤的，全额底薪不受业绩影响。用人单位擅自将底薪与业绩挂钩的，劳动者有权主张补足差额。如果用人单位在制度中规定未完成业绩按比例扣发底薪，该规定因违反计时工资制度的基本法律原理而无效。
提成的计算周期应当明确约定，常见的有按月、按季度或按项目结算。如果用人单位以客户未付款为由拒绝发放已完成的提成，劳动者需要查看合同中是否约定了以回款为发放条件。在没有明确约定的情况下，用人单位不能以回款为由无限期拖延提成发放，业绩完成当月即应计酬。
劳动者在工资发放后应当仔细核对工资条，确认底薪是否按实际出勤天数计算、提成是否按约定比例核算。发现少发或漏发提成的，应当在知道权利被侵害之日起一年内提出异议或申请劳动仲裁，避免因超过时效导致无法追讨。保留好业绩记录、工资条和与用人单位沟通的书面材料，是维护自身权益的基础。
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