互联网上的专利侵权涉及到的管辖和执行问题已经让人们头痛不已，而在法院审理专利侵权时实体法的适用也面临着挑战。

等同原则适用的困扰

在专利侵权的判断原则中，等同原则的使用经过几十年的发展已趋成熟。但是，等同原则主要适用于针对机械、化学或组合物的侵权认定上，对于商业方法和计算机软件专利来说，由于存在许多不确定因素，其适用性遭到质疑。

首先，许多商业经营理念在传统的模式中已经被广泛使用，大量在先商业方法的存在，对于将这些“在先技术”通过计算机软件运行在互联网上而构成的专利来说，是否与那些“在先技术”构成了等同。依据日本专利局的审查标准仅仅将传统商业方法软件化是属于“非常容易的发明”，不具有创造性。但是，由于“在先技术”资料的缺乏，可能在审查中不能发现问题，而让这样的专利申请极易获得通过，这会给日后的专利侵权诉讼埋下许多隐患，大量的商业方法专利人在使用自己的专利时极易落入到与“在先技术”的实质等同的范围。

其次，按照日本的“实质差别”的判断标准，在商业方法软件专利中很难确定哪一部分是实质部分。以一个通过计算机软件来实现的“最小库存量管理方法” 的专利来看，它可能有三个发明点：一个是最小库存量管理的idea,一个是实现这样的idea 的软件程序program，还有一个能够通过计算机运行的控制系统system。如果将专利的实质部分放在idea 上，那么以后任何利用这样的idea 的 软件方法都落在了等同原则的范围里，甚至是不同的软件实现方法。但是如果将发明的实质部分放在控制系统上，日后其他同类的发明就很容易回避掉等同原则的使用。至于实质部分是软件的话，最后的判断极有可能落在逻辑-顺序-组织的判断上。现在的问题是，大部分商业方法软件专利申请人希望将实质部分锁定在idea上，从而会造成等同原则使用的泛滥。

第三，由于美国在一起名为“festo”的专利侵权案中做出的判决与传统的“等同原则”相悖，美国最高法院已经提审该案，也使得“等同原则”适用的尺度尚不确定。在美国的判决中的结论是：无论是出于自愿还是其他任何原因，专利申请人所进行的与权利要求修改有关的技术特征日后不得再有均等侵权的主张。或者说，均等原则的使用方法不再观察专利申请人如何修改其技术特征或元件而弹性保护权利人，而转向判断某一争议的技术特征或元件是否被修改从而使权利要求的范围缩小。当权利要求的范围一旦在申请过程被缩小后，权利人再无主张均等原则的余地。如此下来，只要被控侵权产品和方法没有构成字面侵权，就有很大程度摆脱侵权责任。而在商业方法和计算机软件专利中专利申请人会更多遭遇到“禁止反悔”的抗辩。随着“在先技术”资料库的完善以及审查员素质的提高(具有技术与经济等多重背景)，商业方法发明的审查会越来越严格，申请人可能会一次又一次的修改申请文本缩小保护范围以期获得专利，如果festo案的判决结论成立，恐怕商业方法软件专利保护的新一轮大战又将开始――这可能是商业方法专利权人为争得实际保护而进行的战斗。