上海市环境科学研究院为综合性的环境科学研究单位，隶属于上海市生态环境局，是集水、气、固废、土壤、生态、毒理等多学科环境科研和环境规划、环境评价、环境检测、环境工程等多领域科技服务于一体的环境保护综合性机构。上海市环境科学研究院拥有中国实验室国家认可委员会认可证书和国家计量认证合格证书的第三方环境检测实验室，建有国家环境保护部批准的新化学物质测试的生态毒理实验室，以及其他多学科专业实验室（如土壤生物实验室、人工气候室、同位素质谱实验室、声学混响实验室、大气综合观测实验室等）和开放性的环境科研公共实验室。现有仪器设备792台，其中30万元以上大型仪器设备 122台，包括质子传递反应质谱仪、气相色谱仪、气相色谱质谱联用仪等众多国外进口的大型分析仪器、现场勘查取样分析仪器等。检测范围覆盖水和废水、环境空气和废气、室内环境空气、生物、声学和振动、以及土壤、底质、沉积物和固体废物等。各类实验室总面积约3500 m2。院内具有环境损害司法鉴定资质人员18名，从事环境污染损害评估工作的技术骨干有40余名，以高级工程师职称及硕士学历以上人员为主，主要从事污染物性质鉴定，地表水和沉积物环境损害鉴定，土壤与地下水环境损害鉴定和其他环境损害鉴定（噪声、振动）工作。