商标侵权的诉讼时效与一般侵权行为没有什么特别之处。根据我国民法通则，商标侵权的诉讼时效为两年，诉讼的时效期间从知道或者应该知道权利被损害时起计算。如果侵权行为是一次性的，适用两年时效一般不会出现什么问题。但如果侵权行为是连续进行的，并且商标权人知道或应该知道的时间已经超过两年，就会出现一个是否需要保护的问题。
　　一种意见认为应当严格适用民法通则的规定，既然商标权人明明知道有人侵权却又置时效于不顾，不及时采取措施，自然应当承担不受保护的结果；另一种意见则认为，对于连续实施的知识产权侵权行为，从权利人知道或应该知道之日起至权利人向人民法院提起诉讼之日止已超过两年的，人民法院不简单地以超过诉讼时效为由判决驳回权利人的诉讼请求。在该项知识产权受法律保护期间，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿额应自权利人向人民法院起诉之日起向前推算两年计算，超过两年的侵权损害不予保护。　

《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》规定，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为2年，自商标注册人或者利害权利人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。商标注册人或者利害关系人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算。