1、法律风险。
小产权房的流通转让存在很多的限制，因为小产权房只具备了普通商品房的使用性质，但不具备普通商品房的法律性质，其并不是商品房。所以，法律法规对商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，人民法院也不能适用商品房买卖的法律规定及司法解释处理涉及小产权房的案件，购房人的权益很难得到维护。
同时，由于购买小产权房的合同是无效的，因此根据法律规定购房人只能要求开发商退还购房款并按银行同期贷款利率支付利息等。由于小产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内，因此在使用房屋的过程中，如果遇到一些房屋质量问题、公共设施维护问题，其救济途径就非常有限。
2、政策风险。
购买在建小产权房的情况下，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿小产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
另外，购房后如果遇到国家征地拆迁，由于小产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以其很可能无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比是微乎其微的。
3、房屋质量风险。
小产权房屋的开发建设还没有明确的规定加以约束，开发建设的监管同样存在缺位。而小产权房屋的开发得不到银行贷款支持，开发过程中其大量的开发资金没有政府和银行进行监管，主要依靠开发商自律进行开发建设，一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。
如果是将购房资金预交给没有任何资质和监管的开发单位，对购房者而言，资金的安全，开发商资金是否按时到位，是否能够按质按时的交付房屋存在着很大的风险。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。而且，入住后的物业管理也极易出现问题。
4、所有权风险。
由于所购小产权房得不到法律的认可和保护，没有得到国家房地产主管部门的批准，无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户，购房者也就无法取得房屋所有权。
小产权房的产生是违法的，因为它违背了城乡土地规划利用的总体布局，也违反了关于农地转为城市建设用地的法律程序，所以它本身是不合法的。根据《土地管理法》第六十三条规定：“农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。”
另外，根据其他相关法规规定，禁止擅自通过“村改居”等方式将农民集体所有土地转为国有土地。禁止农村集体经济组织非法出让、出租集体土地用于非农业建设。改革和完善宅基地审批制度，加强农村宅基地管理，禁止城镇居民在农村购置宅基地。严禁为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证。
目前，国土资源部已经严厉地指出，小产权房实质是违法建筑，违反土地管理法律，集体土地不得用于商品住宅开发，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或小产权房，并要求各地坚决制止、依法严肃查处。
小产权房的具体解决途径，应该谋求维持多赢的利益格局。把小产权房强制拆除，是不符合这个原则的。把责任全部推给农民或购房者，是不客观的。在现有的法律体系没有改变之前，一个可行的办法是：下不为例，既往不咎。在技术上可以探讨设计一些务实的模式，比如将原来的小产权房的买卖合同变更为长期租赁合同，并允许租户转租，或许是一个方方面面都可接受的解决方案。
不对。最高院规定法院对于民事诉讼实行登记制度，即使是小产权房也需要登记立案，
《最高人民法院关于人民法院登记立案若干问题的规定》
第一条 人民法院对依法应该受理的一审民事起诉、行政起诉和刑事自诉，实行立案登记制。
第二条 对起诉、自诉，人民法院应当一律接收诉状，出具书面凭证并注明收到日期。
对符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当当场予以登记立案。
对不符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当予以释明。
小产权房属于违法建筑，买卖小产权房的合同无效，不受法律的保护，因此，要维权是很困难的事情。
各地对小产权房的纠纷所持的态度也不尽相同，有的主张“买卖农村的私有房屋，如双方自愿并立有契约，买方已交付了房款，并实际使用和管理了房屋，又没有其他违法行为，只是买卖手续不完善的，应认定买卖关系有效，但应着其补办有关手续。”
有的则主张“此类合同的效力以认定无效为原则，以认定有效为例外，例如买卖双方都是同一集体经济组织的成员，经过了宅基地审批手续的，可以认定合同有效。”鉴于此，解决小产权房的纠纷，最好是通过协商解决的方式来处理。
首先，小产权房的性质是属于履行了审批手续的房屋，但是集体经济组织在安置本集体民过程中擅自扩大了销售对象。
在此情况下，应首先认定所涉房屋的所有权是属于农村集体经济组织所有，或者属于宅基地使用人所有，拆迁安置补偿的利益，只能由所有权人即集体经济组织及其成员享有。
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