1、妨害清算罪，适用范围包括解散清算和破产清算，而虚假破产罪仅仅适用于破产清算程序。
2、妨害清算罪，是指启动破产清算程序本身是正确的(破产原因是真实的)，仅仅是清算过程中有弄虚作假;而虚假破产罪，是指启动破产清算程序本身就不真实，破产原因是虚假的，企业根本没有达到资不抵债的程度。
1、犯罪主体不同。本罪主体为正在进行清算的公司、企业，是单位犯罪，而职务侵占罪的主体是公司的人员，包括董事、监事、经理及一般工作人员均可成为犯罪主体，是自然人犯罪。
2、犯罪的主观目的不同。本罪的目的是为了逃避公司、企业债务，而职务侵占罪的目的则是为了非法占有公司财产。
3、侵犯的客体不同。本罪侵犯的是公司、企业清算制度和债权人及其他人的利益，而职务侵占罪所侵犯的客体是公司、企业财产权及股东的利益。
4、客观方面不同。本罪表现为在公司、企业清算期间，隐匿财产、在资产负债表或财产清单上虚伪记载或者在未清偿债务前分配公司、企业财产，严重损害债权人及其他人利益的行为。职务侵占罪则表现为公司、企业或其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
虚假破产罪主观故意的认定：本罪的主观主面只能是出于故意，而且是直接故意。虚假破产罪是在一种在特定环境、特定条件下，利用特定手段实施的欺诈行为，行为人在主观上是明知其行为会导致债权人或者其他人利益受到损害的，但仍采取隐瞒财产、承担虚构的债务等多种手段，积极转移和处分财产，造成资不抵债的假象，从而实施破产。
