方面是合同被确认无效的法律风险，对于未能取得建设工程规划许可证的小产权房，这类小产权房的租赁行为是不受法律所保护的。一旦引起纠纷起诉至法院，法院通常会判决房屋租赁合同为无效合同。此时出租的小产权房不得交付使用，支付租金的请求是得不到支持的，但是承租人需要参照合同约定的租金标准或者按照市场租金标准向出租人支付房屋的占有使用费用;
另一方面是租赁物使用权受限的法律风险。如果承租小产权房的目的是用于经营目的，而承租人依法又应当向当地公安消防申报安全检查并经当地公安消防机构消防安全验收合格方可承租经营情形下，承租人如未经过消防设计、消防安全验收这道步骤，一签订合同后便直接开始进场装修，容易引发后期租赁房屋被抽查不合格停止使用。如果承租人是公司拟将租赁房屋作为办公用房的，签订合同后因房屋产权证明缺失导致无法取得房屋租赁备案，还会引起工商登记无法通过等纠纷。
部分小产权房租赁不合法的最大症结在于产权得不到政府的认可或者本身就是违法建筑，难以受到法律的保护，但其体量庞大也使得政府在整治过程中比较谨慎，以致该问题尾大不掉。要想妥善解决租赁不合法的问题，首先要妥善处理违建以及产权问题。建议依照《中华人民共和国城乡规划法》(2019修订)第六十四条和第六十八条的规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
另外，可以考虑引入政府作为产权的一部分，通过以市场价收购一部分产权，授予小产权房以完整产权，并由政府和“小产权房”持有人共同拥有，政府拥有的那部分产权可以转让，而农户拥有的那部分产权可以剥离出使用权进行流转。如此一来，租赁的合法问题能够得以解决，有助于实现对小产权房的最优化处置。
