疾病控制和妇幼保健公共卫生事业机构所需经费，由同级财政预算和单位上缴的预算外资金统筹安排。
经费补助的项目主要是：1、卫生行政主管部门认定的甲类和部分乙类传染病，以及对人群健康危害严重的其他传染病的监测、控制和疫情处理；2、计划免疫，卫生突发事件处理和重大灾害防疫；3、卫生标准、规范的研究制定；4、与健康相关产品、药品的检测检验；5、环境卫生、放射卫生、食品卫生、学校卫生、职业卫生的监测与预防；6、慢性传染病、地方病、寄生虫病的监测与控制；7、妇幼保健；8、健康教育；9、慢性非传染性疾病的监测与预防；10、预防医学应用研究等。
疾病控制和妇幼保健等公共卫生事业机构的人员、公务和业务经费的补助，按照标准定额及承担工作任务情况核定。标准定额采用符合区域卫生规划要求的编制内人员补助定额和按服务人口、服务面积、疾病流行状况及机构职责等确定的综合补助定额。设备购置、修缮等发展建设支出根据需要合理安排。重大卫生突发事件处理和重大灾害防疫工作，根据实际需要核定补助。
疾病控制和妇幼保健事业机构从事疾病控制、妇幼保健工作所取得的各项收入，按规定全部上缴预算外资金财政专户，实行收支两条线管理。上缴资金全部用于卫生事业。
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