第一， 两者侵犯的客体不同。两种犯罪虽然都侵犯公共财产权，但侵犯程度不同，社会危害性也就不同。贪污罪侵犯的是公共财产所有权中的占有、使用、收益、处分等全部权能，而挪用公款罪只侵犯公款的占有、使用和收益权。
第二， 两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还;而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。判断挪用公款是否转化为贪污，应当按照主客观相一致的原则，具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。
第三， 两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、帐目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞;而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。在挪用公款案件中，行为人通常会在帐面上留下痕迹，甚至会留下借款凭证，没有平账举动，因而通过查账能够发现公款被挪用的事实。
挪用公款罪与贪污罪的主要区别在于行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。挪用公款是否转化为贪污，应当按照主客观相一致的原则，具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。在司法实践中，具有以下情形之一的，可以认定行为人具有非法占有公款的目的：
1、根据《最高人民法院关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第六条的规定，行为人“携带挪用的公款潜逃的”，对其携带挪用的公款部分，以贪污罪定罪处罚。
2、行为人挪用公款后采取虚假发票平帐、销毁有关帐目等手段，使所挪用的公款已难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
3、行为人截取单位收入不入帐，非法占有，使所占有的公款难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
4、有证据证明行为人有能力归还所挪用的公款而拒不归还，并隐瞒挪用的公款去向的，应当以贪污罪定罪处罚。
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