《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
《劳动部关于贯彻执行中华人民共和国劳动法若干问题的意见》第七十条：休息日安排劳动者工作的，应先按同等时间安排其补休，不能安排补休的应按劳动法第四十四条第二项的规定支付劳动者延长工作时间的工资报酬。法定节假日(元旦、春节、劳动节、国庆节)安排劳动者工作的，应按劳动法第四十四条第三项支付劳动者延长工作时间的工资报酬。
依据上述规定，根据工时制度的不同，用人单位和劳动者在约定加班时间、加班工资、以及能否调休时应注意以下事项：
1. 对标准工时制而言，因生产经营需要经与工会和劳动者协商后一般每天延长工作时间不得超过1小时，特殊原因每天延长工作时间不得超过3小时，每月延长工作时间不得超过36小时。安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之150%的工资报酬，该加班不能用以后安排调休处理;休息日安排劳动者工作，用人单位有权以调休代替，不能安排调休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬;法定休假日安排劳动者工作的，该加班不能用以后安排调休处理，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
2. 对于综合计算工时制的用人单位而言，在综合计算工时周期内的工作总时间超过核定的标准时间，属于加班，且不能以调休处理，应支付不低于工资150%的工资报酬;法定节假日工作的，算加班，该加班亦不能用以后安排调休处理，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
3. 经批准实行不定时工作制的劳动者延长工作时间，不受《劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。实行不定时工作制的劳动者，一般情况下，除法定节假日工作外，其他时间工作不存在加班。法定节假日工作的，按照地方法规规定。如果地方规定要支付加班工资的，支付不低于工资的300%的工资报酬，不能用以后安排调休处理。
日工资计算方法：日工资=月工资收入÷21.75。
小时工资计算方法：小时工资=月工资收入÷(21.75×8) 。
节假日加班三薪(月工资收入÷21.75×300%) 。
公休日加班双薪(月工资收入÷21.75×200%)。
加班调休年底清零的合法性取决于用人单位是否已支付加班费。
法律依据与规定：
《劳动法》第四十四条：明确规定了用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日工作又不能安排补休、法定休假日工作的，应支付相应的加班工资报酬。
调休的合法性：在休息日安排劳动者工作，用人单位可以首先安排补休。若无法安排补休，则需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
也就是说，如果用人单位在年底清零加班调休之前，已经按照《劳动法》的规定，支付了劳动者应得的加班费(即对于无法安排调休的休息日加班，已支付了相应的加班工资)，那么单位将加班调休清零的行为并不违法。
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