社会保险基金财政专户是由社会保障部门机构管理的、与预算内外资金分开的、单独的财政专户。专户要在国有商业银行设立。财政专户、收入户、支出户应在同一个国有商业银行各开设一个户头，以缩短资金流程，减少资金划转过程中的利息损失。有条件的地区要逐步过渡到一个财政专户，并由银行部门实行分户记账。
社会保险经办机构征收方式下的专户管理。有设收入户和不设收入户两种办法。社会保险经办机构设立收入户，一是要经同级财政和劳动保障部门共同认定，二是要在中国银行、中国农业银行、中国工商银行、中国建设银行等四家国有商业银行开户，不能在非银行金融机构开户。收入户的主要用途是：暂存征收的社会保险费；暂存下级经办机构上解或上级经办机构下拨的基金收入；暂存该账户的利息收入以及其他收入等。收入户的资金只能向财政专户划拨，不得发生其他支付业务。收入户月末应无余额。社会保险经办机构不设收入户，征收的社会保险费直接缴入财政专户。
税务机关征收方式下的专户管理。实行税务机关征收社会保险费的地区，不设收入户。即：税务机关和经办机构都不设收入户，缴费单位和个人缴纳的社会保险费直接缴入财政专户或通过国库归集后再定期转入财政专户。
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