1.本罪与非罪行为的界限
在本罪与非罪行为界限的区分中，主要应当注意以下两个标准：(1)主观方面标准。本罪主观方面是故意，如果是因过失，如不知道某一商标已被他人注册，或者是自己首先使用的商标没有注册，却被他人抢先注册，自己在不知情的情况下仍继续使用的，都不构成假冒注册商标罪。(2)犯罪情节标准。假冒注册商标罪是情节犯。行为人具备本罪主体、主观等要件并实施了“未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其相同的商标”的行为，还须达到“情节严重”的程度，方可构成犯罪。关于情节严重的具体标准，《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》已经做出规定。
2.一罪与数罪的界限
在实践中，往往发生这样的案件：伪劣商品的生产者、销售者为了顺利地将伪劣商品出手牟利而在其上使用与他人注册商标相同的商标。对此，2001年4月9日最高人民法院、最高人民检察院公布的《关于办理生产、销售伪劣商品刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第10条明确规定：“实施生产、销售伪劣商品犯罪，同时构成侵犯知识产权、非法经营等其他犯罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。”具体而言，上述情形属于牵连犯，应当根据“从一重罪从重处罚”的原则处断，即应当以生产、销售伪劣产品罪和假冒注册商标罪中处罚较重的犯罪定罪处罚。
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