企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
切记，没有仲裁协议的，不能申请仲裁。有仲裁协议的，不能向人民法院起诉。仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，不能就同一纠纷事件再申请仲裁或向人民法院起诉。
企业之间因劳动争议引起的纠纷或签订《劳动合同》的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
第二，向工商行政管理部门投诉。
《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
企业的商业秘密被侵犯人的不正当行当行为侵犯，可以按上述规定，向县级以上工商行政管理部门投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
第三，向人民法院起诉。
根据《刑法》、《民法通则》、《技术合同法》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。
根据《中华人民共和国刑法》的有关规定，侵犯商业秘密罪是指行为人侵犯商业秘密权利人的商业秘密，对其造成重大损失的行为，如果行为人泄露的商业秘密同时也是国家秘密，则按照其中的重罪定罪处罚。
该罪的量刑标准有：
1、侵犯商业秘密尚未造成严重后果或者是情节轻微显著的，依法应当判处拘役或者是3年以下的有期徒刑，并处或者是单处一定的罚金;
2、侵犯商业秘密造成严重后果的，依法应当判处3年以上10年以下的有期徒刑，并处一定的罚金;
对于单位犯本罪，应当对单位判处相应的罚金，并且对该单位的直接负责的主管人员以及其他的直接负责人，按照上述规定处罚。
法律依据
《刑法》第二百一十九条规定：有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有限徒刑，并处罚金：(一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人们商业秘密的;(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的;(三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
根据《反不正当竞争法》规定，侵犯商业秘密的行为主要有以下几种形式：
1、以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密。盗窃是指通过窃取商业秘密的载体而获取商业秘密;贿赂是以金钱、物品或者其他利益为诱饵，使知悉商业秘密内容的人提供商业秘密;胁迫是指对知悉商业秘密的人进行恐吓、威胁，迫使他人提供商业秘密。其他不正当手段，是指除盗窃、利诱、胁迫以外的其他不正当手段。以上行为属于最典型、最常见的直接侵犯他人商业秘密的行为，反不正当竞争法一方面采取了列举的方式明确规定了侵犯商业秘密的不正当行为，同时，还作了兜底性的规定，只要采取不正当行为获取他人商业秘密都属于侵犯商业秘密的行为。
2、披露、使用或者允许他人使用以上述第一种手段获取的权利人的商业秘密。这是上述第一种行为的继续，是在获取他人商业秘密的基础上进一步损害他人利益的行为。披露是指将其非法获得的商业秘密告知权利人的竞争对手或其他人，或者将商业秘密内容公布于众;使用是将自己非法获取的商业秘密用于生产或者经营;允许他人使用，是指允许他人将自己非法获得的商业秘密用于生产或者经营，包括有偿使用和无偿使用两种情况。
3、违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。这是指合法知悉商业秘密内容的人违反法定或约定义务披露、使用或者允许他人使用商业秘密的行为，包括公司、企业内部的工作人员，曾在公司、企业内工作的调离人员、离退休人员以及与权利人订有保守商业秘密协议的有关人员。
4、第三人明知或者应知商业秘密权利人的员工、前员工或者其他单位、个人实施前款所列违法行为，仍获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，视为侵犯商业秘密。这是间接侵犯商业秘密的行为，即第三者明知或者应知向其传授商业秘密的人具有上述违法行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密。
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