新条例颁布后，财政部、总局先后下发了《关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》（财税[2008]156号）和《关于再生资源增值税政策的通知》（财税[2008]157号），对部分税收优惠政策进行了调整.结合条例及细则的规定，税收优惠政策主要有以下几个方面的改变： 

一、新增了税收优惠项目

1、免税政策。

根据财税[2008]156号文件规定，纳税人销售再生水；以废旧轮胎为原料生产的胶粉；翻新轮胎；生产原料中掺兑废渣比例不低于30%的特定建材产品等自产货物的，自2009年元月1日起免税；同时规定对污水处理劳务免征增值税。 

2、即征即退政策。

实行即征即退的主要包括：以工业废气为原料生产的高纯度二氧化碳产品；以垃圾为燃料生产的电力或者热力；以煤炭开采过程中伴生的舍弃物油母页岩为原料生产的页岩油；以废旧沥青混凝土为原料生产的再生沥青混凝土；采用旋窑法工艺生产并且生产原料中掺兑废渣比例不低于30%的水泥（包括水泥熟料）。 

对满足一定条件的废旧物资回收企业按其销售再生资源实现的增值税的一定比例（2009年为70%，2010年为50％）实行增值税先征后退政策 

3、即征即退50%的政策。

主要有六类产品，包括：以退役军用发射药为原料生产的涂料硝化棉粉；以燃煤发电厂及各类工业企业产生的烟气、高硫天然气进行脱硫生产的副产品；以废弃酒糟和酿酒底锅水为原料生产的蒸汽、活性炭、白碳黑、乳酸、乳酸钙、沼气；以煤矸石、煤泥、石煤、油母页岩为燃料生产的电力和热力；利用风力生产的电力；部分新型墙体材料产品。 

4、先征后退政策。

仅适用于以废弃的动物油和植物油为原料生产的生物柴油。 

二、取消的税收优惠政策

1、来料加工、来件装配和补偿贸易所需进口的设备免税政策。 

2、废旧物资回收企业销售废旧物资免征增值税的政策。 

3、自 2008年7月1日起取消采用立窑法工艺生产综合利用水泥产品增值税即征即退政策。 

4、取消利废企业购入废旧物资时按销售发票上注明的金额依10%计算抵扣进项税额的政策。 

5、停止执行外商投资企业在投资总额内采购国产设备可全额退还国产设备增值税的政策。