1、如果纠纷属于企业内部自身问题所造成的，那么就属于民事法律纠纷的范畴，需要当事人自己通过司法诉讼的程序来维护自己的权益。
2、如果商标的转让申请，正处于商标局转让审查进程中，商标局会给当事人一个合理的时限来进行处理;
3、如果商标纠纷涉及到法律权限问题，当事人只能通过法院的申请证据保全措施的方式，来暂时冻结该商标转让后的权利实施，最后再通过诉讼书的程序来解决纠纷问题。
4、如果商标属于假冒、伪造等非法转让的问题，则需要当地的公安部门对其进行刑事鉴定，然后再走司法程序。
5、若商标局“不予受理”、“不予核准”等行政决定的行政纠纷，当事人可以通过国家工商总局或行政诉讼等途径进行解决。
根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。当事人约定的履行地与实际履行地不一致的，以实际履行地为准。因此，上述地点的中级人民法院或者有商标案件管辖权的基层人民法院有管辖权。对于合同责任与侵权责任竞合的商标案件，按照当事人选择的诉因来确定管辖法院。
在实践中，大量的转让注册商标都是以合同方式转让注册的。
1、转让注册商标，需要依法履行一定的手续，经商标局核准后，转让注册方能生效。转让注册商标而不向商标局办理有关手续的，属于自行转让注册商标的行为，这种私自转让的行为将受到行政处罚，严重时还可能导致注册商标被撤销。
2、商标权转让在合同生效后，转让人在商标的注册有效地域内，不得再在与受让商标核定使用的商品或服务上或者类似的商品和服务上使用已转让的商标，否则就是侵犯了受让人的商标权。转让人如果要继续使用，必须与受让方签订商标使用许可合同，取得受让人的授权。
所以，商标权人转让其注册商标时，应当连同其在同一种或类似商品或服务上注册的其他相同或者近似商标起转让给同一受让人。这是为了防止出现在同一类商品或服务上存在不同生产者或服务者使用相同商标的混乱现象和消费者的误认。
3、注册商标的转让登载在商标公告之日为受让人享有商标专用权的起始日，受让后的注册商标有效期自该日起至注册商标有效期届满之日。
4、合同应当具备法定的必备条款。商标权转让合同一般应包括下列主要内容：
(1)双方当事人的名称、地址、签约日期和地点等;
(2)商标名称、图案，国别、注册号，注册商标核定使用的商品或服务的类别和名称;
(3)已有的注册商标使用许可状况;
(4)价格和支付办法;
(5)受让人保证商品质量的约定;
(6)合同中止和解除的条件及程序;
(7)违约责任;
(8)法律适用及争议的解决办法。
如果合同在执行中发生纠纷的话，一般是由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖，在转让商标时也是需要向国家相关机构进行申请核查的，如果私下转让商标而不到商标局进行相关手续，如经发现时有可能导致商标被撤销的。
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