认定本罪时，应区分本罪与工作失误的界限。因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与本罪相同之处。但两者有严格的区别：
(1)客观行为特征不同。工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务;而本罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务。
(2)导致发生危害结果的原因不同。工作失误，是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不高，业务素质较差，缺乏工作经验，因而计划不周，措施不当，打法不对，以致在积极工作中发生错误，造成国家和人民利益遭受重大损失。而本罪，则是违反工作纪律和规章，严重官僚主义，对工作极端不负责任等行为造成严重后果的。
传染病防治失职罪是指从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员严重不负责任，不履行或者不认真履行传染病防治监管职责，导致传染病传播或者流行，情节严重的行为。
涉嫌下列情形之一的，应予立案：
1、导致甲类传染病传播的;
2、导致乙类、丙类传染病流行的;
3、因传染病传播或者流行，造成人员重伤或者死亡的;
4、因传染病传播或者流行，严重影响正常的生产、生活秩序的;
5、在国家对突发传染病疫情等灾害采取预防、控制措施后，对发生突发传染病疫情等灾害的地区或者突发传染病病人、病原携带者、疑似突发传染病病人，未按照预防、控制突发传染病疫情等灾害工作规范的要求做好防疫、检疫、隔离、防护、救治等工作，或者采取的预防、控制措施不当，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
6、在国家对突发传染病疫情等灾害采取预防、控制措施后，隐瞒、缓报、谎报或者授意、指使、强令他人隐瞒、缓报、谎报疫情、灾情，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
7、在国家对突发传染病疫情等灾害采取预防、控制措施后，拒不执行突发传染病疫情等灾害应急处理指挥机构的决定、命令，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
8、其他情节严重的情形。
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