按照我国《破产法》的有关规定，剩余财产的分配应分为两个步骤进行。
(1)确定分配方案
剩余财产的分配方案，应由清算组提出，经债权人会议讨论通过。《破产法》规定，债权人会议的职权有：
①拥有审查有关债权的证明材料，确认债权有无财产担保及其数据;
②讨论和通过和解协议草案;
③讨论和通过破产财产的处理和分配方案。
人民法院或债权人会议均有权在必要时召集债权人会议。债权人会议的决议一经通过，便对全体债权人发生效力，全体债权人必须执行。剩余财产的分配方案经债权人会议讨论通过后，还应报请人民法院裁定后执行。
(2)执行分配方案
剩余财产分配方案确定后，应由清算组立即开始执行。破产财产分配完毕，应由清算组提请人民法院终结破产程序。破产程序终结后，未得到清偿的债权不再清偿。在实际工作中，对于不同类型的企业，剩余财产的分配方案应有所不同。对于有限责任公司，一般是按合同、章程的规定或出资者出资比例进行分配。如果公司章程、合同中已专门说明了有关财产的分配办法，则应按规定进行分配;如果没有在合同、章程、协议中作出明确规定，董事会也没有就此作出任何决定的，则应按合资法的规定，按投资各方的股权资本比例进行分配。
企业依法缴纳必要的所得税之后，剩余财产便可以在企业投资者之间进行分配了。剩余财产的分配应根据不同情况，按不同方式来进行。
剩余财产分配以后，清算工作中的财务处理即告完成。这时，清算机构应出具有关报告和报表，并聘请注册会计师对企业清算过程及相应的报告和报表进行审计，并由他们签署审计报告，与上述清算报告一起提交有关机构确认。
如果上述分配方案董事会已经通过并得到审批机构批准，清算组即可按上述方案实施。
依《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，公司破产清算的程序是：
1、 成立清算组。人民法院应当在宣告企业破产之日起十五日内成立清算组，接管破产企业，清算组应当由股东、有关机关及专业人士组成;
2、 清算组接管破产公司。人民法院宣告企业破产后，破产企业由清算组接管，负责对破产企业的财产进行管理、清理、估价、处理、分配，代表破产企业参与民事活动，其行为对人民法院负责并汇报工作;
3、 破产财产分配。分配破产财产，由清算组提出分配方案，在债权人会上讨论通过，报人民法院批准后由清算组具体执行;
清算组分配破产财产前，首先应拨付清算费用，包括：
(1)破产财产管理、变卖、分配所需的费用;
(2)破产案件诉讼费;
(3)为债权人的共同利益而在破产程序中支付的其他费用。
4、 清算终结。破产财产清算分配完毕，由清算组向人民法院汇报清算分配工作的情况，并申请人民法院裁定破产终结，未得到清偿的债权，不再进行清偿;
5、 注销登记。企业破产，破产财产分配完毕，企业法人依法终止其民事行为能力，清算组向破产公司的原登记机关申请注销原公司登记。
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