第一、医患双方协商处理。医患双方协商和解医疗纠纷的优势体现在几个方面。
1、成本低廉、效率较高。协商通常是医患双方直接商谈，不存在第三方，所以在协商过程中双方容易找到对医疗行为、医疗结果及其原因认识的分歧点和解决纷争的关节点，从而快捷地解决争议，节省双方通过诉讼方式解决争议所需要的大量的精力和财力。
2、可以在很大程度上消弥因医疗纠纷所产生的医患对立，为医患双方提供了相互理解和谅解的机会。
3、有利于节约有限的司法资源，促进社会稳定。然而协商和解医疗纠纷的上述优势要充分发挥有一个重要的前提，即医患双方遵守法律规定，理性地、友好地进行协商。但在现实当中，协商和解医疗纠纷已经成为医患双方的无奈，随着协商和解越来越多，其弊端也日益显现。
第二、申请卫生行政部门处理。当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。
第三、向法院提起诉讼。向法院提起诉讼是当事人在遇到医疗纠纷是最后的选择。通过法院对案情的客观分析与看待，公正的处理医院与当事人双方之间的矛盾，这是解决医疗纠纷的最后防线。
1、对发生医疗纠纷的科室和当事人，无过失的，免于经济处罚和行政处罚。
2、对因医疗事故引发医疗纠纷，或因医疗纠纷造成经济损失的责任科室给予经济处罚，当事科室承担经济损失总额的40%。
3、对引发医疗纠纷的责任科室，在接到医疗纠纷投诉当季的质量考核中，根据情节轻重，酌情扣分或否决。对因医疗纠纷(包括当年及以前的医疗纠纷)造成全年经济损失累计达到或超过万元的责任科室，在当年的各项评比中一票否决。
4、对引发医疗纠纷造成经济损失的责任人，根据情节轻重，给予行政和经济处罚。行政处罚：通报批评、警告、记过、记大过及降级、降聘使用，工作岗位另行安排。经济处罚：相关责任人承担经济损失总额的10-15%，科主任承担经济损失总额的2%，科副主任承担经济损失总额的1%。
5、科室未完成年度医疗安全责任目标，扣发第一责任人年度兑现金5%，扣发第二责任人年度兑现金2%。
6、对引发医疗纠纷，受到警告及行政以上处分的个人，在受处分后一年内，不能参加各种先进评比、职称晋升、不安排外出进修及学历学习。
7、引发医疗纠纷责任人的各级上级人员承担相应责任。责任人不请示上级人员或不听从上级人员指导，擅自行事引发医疗纠纷，由责任人个人承担全部责任。
8、进修、实习人员引发医疗纠纷，由其带教老师承担责任。如未安排带教老师，由科主任承担责任。
9、对医疗纠纷发生后，不配合调查、处理，弄虚作假，推托责任，隐瞒事实真相的，或利用纠纷制造矛盾，扩大事态的，要对当事科室或有关人员从严处理。
10、医疗纠纷结案后两周内，责任科室负责人组织科内有关人员就该医疗纠纷进行讨论，找出存在的问题，总结教训，制定整改措施，并根据当事人的责任大小，确定责任人数及承担经济处罚的比例数，连同“乘机安全小贴士”安全出行要重视行政处罚意见一并写出总结报告相关管理科室。
11、对引发医疗纠纷造成经济损失责任人的经济处罚，由院医疗纠纷处理委员会根据医疗纠纷的性质、责任大小，以无记名投票方式表决，决定最终处罚结果。
12、对引发医疗纠纷造成经济损失的责任科室和责任人的经济处罚，由相关管理科室按照本规定通知结算中心，劳资科执行。对责任科室的经济处罚款项，在当事科室经营收入扣除。对责任人、科主任及科副主任的经济处罚款项，在当事人工资、绩效工资及其它收入中一次或分次扣除(保证月生活费500元)。
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