1.根据住宅和商业的建筑面积计算出住宅和商业各自分摊的土地面积。例如一栋5层楼，总建筑面积 5000平方米。其中2、3、4、5层为住宅，建筑面积4000平方米;1层由住宅改为商业，建筑面积1000平方米。假设总土地面积2000平方米，则商业建筑分摊土地面积为400平方米 (2000×1000/5000=400)。也就是说这 400平方米土地的用途由住宅改变为商业，其余的1600平方米(2000×4000/5000=1600)仍为住宅用地，本次不予考虑。

2.分别计算当前时点住宅和商业用地的市场价格，以单价或总价计均可，如果以总价表示，面积按400平方米算。由于是出让后又改变土地用途，可能在核算当前时点住宅和商业用地价格时需要进行年期修正。

3.用商业用地价格减去住宅用地价格，即为两种用途的市场价格差额，乘以政府收益率就是改变用途应补交的出让金数额。

需要注意的是，土地单价只有与土地面积(或分摊土地面积)相乘，才能得土地总价。用土地单价乘以建筑面积，得出的结果肯定是错误的。将来给商业门市所有者颁发国有土地使用证时，登记的土地面积也是根据商业门市的建筑面积分摊的，根据上面简单的例子，商业门市的总建筑面积为1000平方米，全部的商业门市土地使用证登记土地面积之和就应为400平方米。如果是成片小区，土地面积的分摊会复杂一些，但土地面积与建筑面积绝不会混淆，建筑面积是用来计算不同用途土地的分摊比例的依据。因此笔者认为计算改变用途补交政府收益的公式应该为：

补交政府收益总额=(商业用地单价×商业用地政府收益率-住宅用地单价×住宅用地政府收益率)×改变用途部分建筑所分摊的土地面积

另外问题中“无论楼层高低都不应该改变因变更用途收取政府收益的数额”，这个说法在土地面积不变的前提下并不完全正确。再举个例子：比如一栋6层楼总建筑面积 6000平方米。其中2、3、4、5、6层是住宅，建筑面积5000平方米;1层由住宅改为商业，建筑面积1000平方米。假设总土地面积仍然为2000平方米，则商业建筑分摊土地面积333平方米(2000×1000/6000=333)。也就是说这333平方米土地的用途由住宅改变为商业，与刚才商业建筑分摊400平方米的例子相比，政府收益总额一般来说会发生变化。但由于这个6层楼的容积率与5层楼的容积率不同，由此造成在当前估价时点，6层楼的商、住宅用地价格与 5层楼的商、住用地价格可能不同，商业用地与住宅用地的单价差额变化多少并不确定。只有在非常凑巧的情况下，才会出现无论楼层高低都不改变因变更用途收取政府收益的数额的现象。