并购基金主要分为控股型并购基金模式和参股型并购基金模式。前者是美国并购基金的主流模式，强调获得并购标的控制权，并以此主导目标企业的整合、重组及运营。后者并不取得目标企业的控制权，而是通过提供债权融资或股权融资的方式，协助其他主导并购方参与对目标企业的整合重组，是我国目前并购基金的主要模式。
控股型并购模式要经历一个较长的周期且必须有一个清晰的投资理念，目前国内的PE市场还相对处于发展阶段，因此控股型并购模式操作比较少见，主要是参股型并购模式。通常有两种方式，一是为并购企业提供融资支持，如过桥贷款，以较低的风险获得固定或浮动收益，同时可通过将一部分债务融资转变成权益性资本，实现长期股权投资收益。过桥贷款是一种短期资金的融通，期限一般较短，不超过一年，由于其资金运作的重要性较高，往往会获得较高的回报，且相对于长期融资，风险较容易控制。
第二种参股型并购是向标的企业进行适当股权投资，也可以联合其他有整合实力的产业投资者为主导投资者，共同对被并购企业进行股权投资、整合重组，在适当时候通过将所持股权转让等形式退出。
这是一个需要从多个方面进行考虑的问题。另外，我们在进行并购基金的时候，要注意要关注如何实现安全退出，做好相关的防范工作，这样万一发生意外，也可以保障基金的安全的退出，减少自己的损失。
并购基金的运作是一个复杂的过程，从基金募集、成立到并购的实施、项目管理以及分红、退出清算，某个环节出现问题，都会使投资者面临损失。因此并购基金在进行产品化的过程中应当特别注意风险的控制，尤其要关注如何实现安全退出，注重退出方式和时机的选择，制定完善的退出方案。
按照LP与GP职责分工，LP的角色定位在只负责出资，而不参与投资管理活动。LP对GP过多的干预可能会降低基金运行的效率，而GP也可能滥用职权侵害LP的利益，如当GP同时管理A与B两只基金时，可能会由A基金去收购B基金所投资的项目实现B的退出，或者挪用A的资金去缓解B的资金短缺问题等。
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