券商并购基金的运营是一个复杂的过程。从基金募集、基金成立、登记备案、基金委托管理、到并购项目管理、基金增值与分红、基金退出与清算，每个环节都是紧密相连的，一旦其中某个环节出现问题，整个基金项目都将遭遇失败。因此，券商运营并购基金时应注意识别风险并进行风险控制。
(一)财务风险
资金募集是并购基金的首要环节。从海外并购基金的实践来看，杠杆收购是主要的运作模式。虽然我国并购基金的融资渠道较窄，但并购基金主要投资于现金流稳定的成熟企业，收购金额庞大，在实际运作中不可避免地涉及杠杆收购。而券商并购基金是由券商控股的并购基金管理子公司发起设立，一旦并购基金运作失败，在杠杆效应下遭遇大额亏损，对母公司券商的财务影响也不容小觑。
为了防范财务风险，在并购基金实际运作中，券商不仅要努力提高自身的资本实力，提升抗风险能力，而且要制定严格的防火墙制度和风险隔离制度，坚持业务隔离和财务独立，防止并购基金业务的亏损蔓延至整个集团。
(二)委托代理风险
采用参股模式的券商并购基金，并未取得目标企业的控制权，存在信息不对称，面临委托-代理问题。在缺乏控制权的情况下，并购后的整合管理中，目标企业管理层很可能凭借自身权力，做出违背并购方意愿的行为，损害并购基金的利益。为了约束目标企业管理层的行为，券商并购基金应在协议中订立特殊条款，保障权益的同时提高自身在目标公司的地位和影响力。例如，掌握重大事项的否决权;要求对关联企业财务状况的知情权;通过“小股东权益保障条款”合同安排保障投资者权益等。
(三)退出风险
并购基金运作的关键在于安全退出。在国际市场上，并购基金对目标企业完成整合管理后，可以通过IPO、股权转让或目标企业管理层收购等方式实现退出。而在国内资本市场中，尽管多层次的资本市场逐步完善，但在核准制的发行制度下，企业上市条件严格，上市资源仍然稀缺。中国内地的股权转让市场，除全国性的三板市场外，地方性的股权交易市场还在试点阶段，股权交易市场并不完备。
为了保证并购基金顺利退出目标企业，券商并购基金应充分分析目标企业的特征，注重退出方式和时机的选择，并制定方案引导退出行为。在退出方式的选择上，不要盲目追求高收益但难度较大的IPO方式，应兼顾股权转让、管理层收购等其他退出机制。在并购失败的情况下，清算退出也不失为明智之举。
我国并购市场已经初具规模，不论从并购市场需求还是从证券业自身的发展来说，券商开展并购基金业务的时机正好。而且，券商已积累了不少的经验，并且券商在客户资源、行业研究、业务改造、企业上市经验、基金资金的筹集及退出等方面具有优势。企业作为被投资人如果能够把握这一商机，可以更好的租金企业发展。
1、如项目运行正常，退出方式如下：
由上市公司并购退出。并购基金存续期限通常为三年。标的项目被专项基金收购且完成规范培育、符合上市公司要求后(规范培育周期暂定半年至两年，相关规范后条件需在投资协议中有明确要求)，上市公司可提出对标的进行收购。
该项收购可以采取现金(或现金加股权)的方式，标的收购价格需以届时市场价格或有限合伙人投资年复合净收益率(通常为10-15%)两者孰高为准(即上市公司或其实际控制人进行兜底，降低出资人风险)。如有外部机构受让，则上市公司在同等交易条件下具有优先受让权。
收购三年后，并购基金有自由处置权：在境内外资本市场进行IPO;将所投资项目转让给其他产业基金;由所投资项目公司管理层进行收购。
2、如项目出现意外，由上市公司大股东兜底;如项目出现亏损，对于上市公司或其大股东外的其他LP而言，上市公司通常将给予一定的兜底，主要有两种情况：
A、“投资型”基金。上市公司与其他LP分别按规定比例进行出资，上市公司出资相当于劣后模式;一旦投资的项目亏损，上市公司以出资额为限承担项目亏损;若亏损超出上市公司出资，则超出部分由其他LP按出资比例承担。
B、“融资型”基金。上市公司成立该类型基金的主要目的为融资。上市公司与其他LP分别按规定比例进行出资，上市公司在认缴一定出资外，需要对其他LP的出资承担保本付息的责任。
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