违法的，对员工扣绩效工资是属于不合法的行为;绩效工资分为广义绩效工资和狭义绩效工资，广义绩效工资又称绩效加薪、奖励工资或与评估挂钩的工资。绩效工资制可以提高工作绩效，若使它能更好发挥作用，雇主必须确信能有效地对工作绩效进行评估。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
绩效工资被扣劳动仲裁有用。相关法律规定，劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不能对员工进行非法罚款或者非法克扣劳动者的工资，用人单位可以按照绩效考核的办法根据绩效考核的结果浮动劳动者的绩效工资。
法律依据
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第二十一条 劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。
劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
第二十七条 第一款 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
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