1、根据违法情节的轻重，划分情节轻微、情节较重和情节严重三个档次分别裁量，分别处以3万、7万和10万元的罚款。目前较多地市采取这种方法。
2、依据违法行为是否造成危害他人健康后果及后果的严重程度进行裁量。具体为：对于未造成危害他人健康后果的，处3万元罚款;对于违法行为造成了他人健康损害，并不严重的，处6万元罚款;对于违法行未造成他人严重健康损害的，处10万元罚款。
3、依据违法行为的持续时间来加以裁量。如对于实施非医师行医三个月以下的，处2万元罚款;违法行为持续时间每增加一个月，增加1万元罚款，最高不超过10万元。
4、依据违法所得进行裁量。如通过对非法行医获得的违法所得进行认定后，结合执法实践，将违法所得进行划定不同的范围，依据违法所得由低至高给予不同金额的罚款处罚。即，违法所得5000元以下的，处2万元罚款，违法所得每增加5000元，罚款增加1万元，最高不超过10万元。
非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
1、客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
2、主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
3、主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
(一)未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的;
(二)被依法吊销医师执业证书期间从事医疗活动的;
(三)未取得乡村医生执业证书，从事乡村医疗活动的;
(四)家庭接生员实施家庭接生以外的医疗行为的。
该罪的主体，即未取得医生执业资格的人，包括中国人、外国人和无国籍人，单位不构成该罪。必须是已经取得执业医师证，并在已经取得医疗机构执业许可证的医疗机构内，按照医师本人的注册执业范围、地点、类别以及医疗机构的核准登记科目范围行医才属已经取得医生执业资格的人。《执业医师法》对执业医师证的取得作了明确规定：该法生效后取得执业医师资格，必须通过国家医师资格考试，并经申请获得执业医师或者执业助理医师职称;该法生效之前，取得医学专业技术职称和医学专业技术职务的人员，由所在机构报请县级以上卫生行政部门认定，获得相应的医师资格。对于开办医疗机构，根据国务院《医疗机构管理条理》和卫生部《医疗机构管理条理实施细则》的规定，还需要经过所在县级以上卫生行政部门考核审查，发给执业执照或者注册登记。因此，办案人员在办理此类案件时，既要注意其本人是否有《医师执业证》及其执业的范围，还要注意其本人所在的医疗机构是否有《医疗机构执业许可证》及其核准的诊疗科目是否相当，否则，就有可能成为非法行医的主体。
这是因为，医师如果超出其注册的执业范围行医(紧急特殊情况下除外)就存在相关医疗知识与技能的严重缺陷，如一个牙医去做脑外手术，后果是可想而知的。而超出医疗机构核准的诊疗科目，则意味着，该医疗机构没有相关科目的诊救治人员、设施、设备，这就无法保证就诊人员的生命安全。如只有皮肤科科目的医疗机构去做心脏手术，因不具备相应的诊救治人员、设施、设备不仅手术无法保证安全，一旦出现紧急情况，根本无法对患者实施救治而损害患者生命健康，这是执法办案人员必须注意的问题。
这里还有一个需要注意的问题是，中国《执业医师法》 对医生执业的地域没有明确规定，但有些地区对医疗机构的设置申请又有特殊规定，这在一定程度上限制了执业医师的范围。
另外，对于已经取得“医疗机构执业许可证”的医疗机构或执业医师，因超出核准的业务范围从事医疗活动而造成严重后果，以医疗事故罪处理，因为行为人具有行医资格，符合医疗事故罪的主体要求;另一种认为应以非法行医罪处理，因为，尽管该医生在核准登记的范围内具有行医资格，但超越范围行医，与其他人员非法行医没有本质区别：行为人虽然取得了医师资格，但故意超越职权和能力范围，从事医疗活动，主观上的过错表现为故意而非过失，这与医疗事故罪的构成要件之一，主观上表现为过失是有严格区别的。
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